① DNA-NGS:通过捕获平台在DNA水平能够检测到包括已知和未知位点在内的所有RET基因易位,但是其准确性会受捕获探针的覆盖度、标本DNA质量,以及生物信息学分析等关键因素影响。且DNA水平检测到部分罕见融合断裂位点可能并不能代表RNA水平的融合位点,在极少数情况下,DNA水平上检测到的基因易位并不会引起融合基因的表达。目前文献报道灵敏度为87.2%~100%,特异度为98.1%~100%。因此,基于DNA的靶向测序分析通常辅以RNA测序方法验证,在临床应用前明确其灵敏度和特异度。
② RNA-NGS:通过扩增子平台在RNA水平上进行检测,仅需要极少量的RNA就能检测到RET融合基因表达,但是检测范围一般仅局限于特定的常见融合类型,罕见融合可能会漏检。此外,RNA水平检测对样本质量要求较高,保存时间较长导致RNA降解、FFPE组织在制作过程中导致RNA交联无法完整提取等情况都对结果产生较大影响,高度降解或者交联的RNA因片段太短而不能提供完整的基因信息,并且会妨碍文库构建和测序。基于捕获的文库构建能检测所有基因融合变异,但同样受到临床样本质量的限制。NGS能有效鉴定出FISH不能明确诊断的RET阳性肺癌患者。除了检测灵敏度比较高外,NGS还可以同时检测多个其他靶点。这样既节约了标本,也节省了患者等待检测结果的时间,对于突变频率不高的靶点,重要性显著提高。基于这些优势,NCCN肺癌指南从2014年第3版开始,推荐使用NGS同时检测ALK、ROS、RET融合。在检测多基因的时候也需要注意考虑组织标本的量。小活检标本应优化检测流程,合理设计检测项目和方法,避免二次活检。